本系主要課程由「植物病理」與「微生物學」兩個領域組成，於課程設計上除了希望學生能充實基本科學素養外，另加強實際應用技術及認識目前業界相關領域產業現況。
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- 基礎課程
普通植物學與實驗、植物生理學與實驗、統計學、普通化學與實驗、有機化學與實驗、生物化學與實驗。 - 核心課程
微生物學與實驗、真菌學與實驗、植物病毒學與實驗、植物病理學與實驗、線蟲學與實驗、遺傳學、分子生物學、應用微生物學。 - 植物病理領域課程
植物病理與微生物學導論、植物細菌學、植病防治學、花卉病理學、非傳染性病害、植物病害與診斷、植病研究法與實驗。 - 微生物科技領域課程
細胞生物學、微生物研究法、微生物學特論、農用生物製劑、分生技術與原理、病毒基因工程學與實驗。 - 現代農業領域課程
農業概論、植物檢疫、果樹病害、智慧農業、抗病育種、農業昆蟲學、植物健康整合管理。 - 綜合課程
書報討論、專題研究、學士論文、試驗設計學、科學方法與寫作、植物病理與微生物學講座。
此外，也鼓勵本系學生修習各類的生物技術相關課程，如：生物技術核心實驗、基因體學、蛋白質體學、生物資訊學、植物基因轉殖、植物組織培養等。